若按校友会版排行榜看，首都医科大学2018年全国排名第100位；2017年全国排名第94位；2016年全国排名第98位；2017年全国排名第97位；全国排名第79位；2013年全国排名第78位；2012年全国排名第77位；2011年全国排名第82位；2010年全国排名第85位。以下是首都医科大学历年排名整理表：
| 年份 | 排名 | 院校 | 星级 | 所在地 | 类型 | 办学类型 | 办学层次 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2018 | 100 | 首都医科大学 | 4 | 北京 | 医药 | 区域特色研究型 | 世界知名、中国高水平大学 |
| 2017 | 94 | 首都医科大学 | 4 | 北京 | 医药 | 区域特色研究型 | 世界知名、中国高水平大学 |
| 2016 | 98 | 首都医科大学 | 4 | 北京 | 医药 | 区域特色研究型 | 中国高水平大学 |
| 2015 | 97 | 首都医科大学 | 4 | 北京 | 医药 | 区域特色研究型 | 中国高水平大学 |
| 2014 | 79 | 首都医科大学 | 4 | 北京 | 医药 | 区域特色研究型 | 中国高水平大学 |
| 2013 | 78 | 首都医科大学 | 北京 | 医药 | |||
| 2012 | 77 | 首都医科大学 | 北京 | 医药 | |||
| 2011 | 82 | 首都医科大学 | 北京 | 医药 | |||
| 2010 | 85 | 首都医科大学 | 北京 | 医药 |