学校尊重学生个性发展，注重对各类学生的培养，每年以数万元专款奖励各类优秀学生，特别是高一年级优秀新生。鼓励学生学有进步、学有专长、脱颖而出。学校田径运动队有专职教练负责训练，每年招收体育特长生12名。体育特长生在校经过三年学习、训练之后，一般都被大学录取。学校合唱队、舞蹈队、器乐队都有高水平教师指导，合唱队连续几年获北京市合唱节比赛一、二等奖。
学校长期致力于新教育思想的构建，不断总结反思在示范校建设和后示范校发展这几年的做法和经验，不断强化科学管理，已形成教育思想新，教研气氛浓，教学质量高的办学格局，全面推进素质教育已初见成效。在党的十八大精神为指引下，运河中学以办好人民满意的学校为目标，以凸显内涵发展，实现“四个转变”为中心（即从相对传统的教学理念向新课程教学理念的转变；从一般意义的教师队伍建设向教师队伍专业发展转变；从初步办有特色向具有显著学校特色转变；从北京市示范高中校向北京市名校转变），以学校特色建设为重点，在校园文化建设，教师专业发展，校本课程研发，教育质量提升等诸方面力求取得新的突破。继续发挥“北京市示范高中校”的示范和辐射作用，使运河中学成为引领和带动区域教育发展的一面旗帜