单位和个人超过上述规定比例缴付的住房公积金，应将超过部分并入个人当期的工资、薪金收入，计征个人所得税。这就是说，单位为个人缴纳或者个人缴纳比例超过12%的部分，将计入个人的工资、薪金所得，按照规定缴纳个人所得税。比如上海市目前的普通公积金缴存额为职工与企业各交工资总额的7%，如果有补充公积金，比例为工资总额的8%。两项相加，单向缴存的较高额度为15%。如果12%以内的部分可以免征个税，那么超过的3%部分则需要缴纳个人所得税。
需要指出的是，根据《住房公积金管理条例》的规定，对缴存住房公积金确有困难的单位，经本单位职工代表大会或者工会讨论通过，并经住房公积金管理核心审核，报住房公积金管理委员会批准后，可以降低缴存比例或者缓缴；待单位经济效益好转后，再提高缴存比例或者补缴缓缴。
2、缴纳基数。
根据《住房公积金管理条例》的规定，职工住房公积金的月缴存基数为职工本人上一年度月平均工资。单位为职工缴存的住房公积金的月缴存额为职工本人上一年度月平均工资。
新参加工作的职工从参加工作的第2个月开始缴存住房公积金，月缴存基数为职工本人当月工资。
单位新调入的职工从调入单位发放工资之日起缴存住房公积金，月缴存基数为职工本人当月工资。
需要指出的是，根据《建设部、财政部、中国人民银行关于住房公积金管理若干具体问题的指导意见》的规定，缴存住房公积金的月工资基数，原则上不应超过职工工作地所在设区城市统计部门公布的上一年度职工月平均工资的2倍或3倍。具体标准由各地根据实际情况确定。这里只是原则上不能超过，说明还是可以超过的。对于超过部分，财政部、国家税务总局《关于基本养老保险费基本医疗保险费失业保险费住房公积金有关个人所得税政策的通知》中规定，单位和职工个人缴存住房公积金的月平均工资超过职工工作地所在设区城市上一年度职工月平均工资的3倍的，应将超过部分并入个人当期的工资、薪金收入，计征个人所得税。
以上是关于住房公积金缴纳比例以及缴纳基数的知识。