若按校友会版排行榜看，武汉生物工程学院2018年全国排名第57位；2017年全国排名第53位；2016年全国排名第55位；2017年全国排名第47位；全国排名第36位；2013年全国排名第24位。以下是武汉生物工程学院历年排名整理表：
| 年份 | 排名 | 院校 | 星级 | 所在地 | 类型 | 办学类型 | 办学层次 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2018 | 57 | 武汉生物工程学院 | 4 | 湖北 | 应用型 | 中国高水平民办大学 | |
| 2017 | 53 | 武汉生物工程学院 | 3 | 湖北 | 理工 | 应用型 | 中国知名民办大学 |
| 2016 | 55 | 武汉生物工程学院 | 3 | 湖北 | 应用型 | 中国知名民办大学 | |
| 2015 | 47 | 武汉生物工程学院 | 3 | 湖北 | 理工 | 应用型 | 中国知名民办大学 |
| 2014 | 36 | 武汉生物工程学院 | 3 | 湖北 | 应用型 | 中国知名民办大学 | |
| 2013 | 24 | 武汉生物工程学院 | 湖北 |
若按金平果版排行榜看，武汉生物工程学院2018年全国本科院校排名第703位；2017年全国本科院校排名第708位；2016年全国本科院校排名第680位；2017年全国本科院校排名第636位。以下是武汉生物工程学院历年排名整理表：