| 年度 | 全国排名 | 北京市内排名 | 总分 |
| 2018 | 115 | 22 | 62.59 |
| 2017 | 123 | 23 | 62.06 |
| 2016 | 119 | 22 | 62.97 |
| 2015 | 117 | 22 | 63.03 |
| 2014 | 101 | 21 | 63.31 |
| 2013 | 112 | 22 | 61.58 |
2、历年北京中医药大学全国排名【最好大学版】
在最好大学版本排名中，2018北京中医药大学全国排名第2，相较于2017年的2名，排名不变。
| 年份 | 全国排名 | 学校名称 | 所在地 |
| 2018 | 86 | 北京中医药大学 | 北京 |
| 2017 | 85 | 北京中医药大学 | 北京 |
| 2016 | 83 | 北京中医药大学 | 北京 |
3、北京中医药大学在北京市内排名【校友会版】
2018北京中医药大学在北京市内排名第22名，排在北京中医药大学前后的分别是华北电力大学和中国石油大学（北京）。