| 年度 | 全国排名 | 北京市内排名 | 总分 |
| 2018 | 56 | 10 | 64.41 |
| 2017 | 57 | 10 | 64.09 |
| 2016 | 45 | 10 | 66.03 |
| 2015 | 38 | 8 | 66.8 |
| 2014 | 31 | 7 | 67.58 |
| 2013 | 36 | 8 | 65.33 |
2、历年北京协和医学院全国排名【金苹果科技评价版】
在最好大学版本排名中，2018北京协和医学院全国排名第59，相较于2017年的57名，排名下降了2位。
| 年份 | 全国排名 | 学校名称 | 所在地 |
| 2017-2018 | 59 | 北京协和医学院 | 北京 |
| 2016-2017 | 57 | 北京协和医学院 | 北京 |
| 2015-2016 | 64 | 北京协和医学院 | 北京 |
| 2014-2015 | 70 | 北京协和医学院 | 北京 |
| 2013-2014 | 56 | 北京协和医学院 | 北京 |